سابقه تشكيل مركز تحقيقات كشاورزي و منابع طبيعي استان زنجان به سال 1359 و تأسيس بخش تحقيقات اصلاح و تهيه نهال و بذر بر‌مي‌گردد. بعد از دو سال تمهيدات تشكيل بخش تحقيقات خاك و آب نيز فراهم شده و در سال 1367 با تشكيل بخش تحقيقات آفات و بيماريهاي گياهي، موجوديت مركز تحقيقات كشاورزي به طور رسمي در چارچوب تشكيلات وزارت كشاورزي سابق محقق گرديد.

تحقيقات منابع طبيعي و امور دام از سال 1371 و با آغاز فعاليتهاي مربوط، در قالب يكي از ايستگاههاي تحت پوشش مركز تحقيقات منابع طبيعي و امور دام استان آذربايجان شرقي در استان شروع شده و به فاصله يكسال، فعاليت آن تحت عنوان مركز تحقيقات منابع طبيعي و امور دام استان ادامه يافته است. در سال 1379 با تصويب قانون ادغام وزارتين جهادسازندگي و كشاورزي سابق و ضرورت تشكيل مركز تحقيقاتي واحد، مقدماتي لازم فراهم شده و از سال 1383 ادامه فعاليتهاي دو مركز سابق با مديريت واحد و با عنوان مركز تحقيقات كشاورزي و منابع طبيعي آغاز گرديده است.

در حال حاضر در اين مركز هشت بخش تحقيقاتي که عبارتند از : 1. آبخيزداري 2. ‌آفات و بيماريهاي گياهي 3. اصلاح و تهيه بذر و نهال 4. ‌ثبت و گواهی بذر و نهال 5. خاك و آب 6. علوم دامي 7. ‌منابع طبيعي 8. گروه اقتصادي کشاورزی و تحقيقات روستايي با بهره‌‌گيري از محققان به اجراي طرحهای تحقيقاتي اشتغال دارند. اميد است با بهره‌گيري از امكانات بالقوه موجود و حمايتهاي مسئولين توان تحقيقاتي مركز در رشد و شكوفايي بخش كشاورزي و منابع طبيعي در استان بيش از گذشته مؤثر واقع گردد.